La primitiva basilica, edificata sulla tomba del martire, ha origine in epoca costantiniana.
Per il numero sempre crescente di fedeli e per le cospicue esigenze di culto nel 505, il pontefice Simmaco ritenne indispensabile l’ampliamento della costruzione e facendo edificare le terme per il clero.
“Eodem tempore fecit basilicam Sancii Panchrati, ubi et fecit balneum et fecit arcum argenteum” (Lib. Pont. in Storia e testi della Letteratura Latina, V, Mariotti, Zanichelli, Bologna 1993, p. 237).
Inoltre, ripristinò il cimitero e vi fece costruire qualche nuovo edificio, come attesta il frammento laurenziano del VI secolo della biblioteca capitolare di Verona: “Simmacus nonnulla etiam cymiteria et maxima Sancti Panchrati, renovans plura illic nova quoque construxit” (op. cit. , p. 238).
Fra il 335 e il 353 i cimiteri suburbani subirono gravissimi danni per i ripetuti assedi delle milizie gotiche, come riporta il biografo di papa Silverio: “Ecclesiae et corpora martirum exterminati sunt a Gothis” (op. cit. , p. 233) Alla ferocia della devastazione, non sfuggì la basilica di San Pancrazio, che sotto il papato di Gregorio Magno fu restaurata e affidata, nel 595, con l’annesso convento dei Santi Vittore e Pancrazio, ai Benedettini che si stabilirono “in monasterio eidem ecclesiae cohaerenti“.
(Gregorii regesta ep. , Cap. IV, 18, op. cit., pag. 240).
Nella prima metà del secolo VII la chiesa, minacciando rovina, fu ricostruita con maggior splendore dal papa Onorio I, che ornò di argento la tomba del martire, fece dono di un ciborio, di cinque archi d’argento e di tre candelabri d’oro, rimosse inoltre il corpo del Santo, collocandolo sotto l’altare maggiore: “Et basilicam beati Panchrati martyris nimia vetustatem dirutam atque ruinis praeventa, isdem almificus praesul omnia in integro a noviter nimio decore una cum monasterio sancii Victoris, ibidem situm restauravit“.
(Lib. pont. , op. cit., pag. 245)
I lavori di abbellimento continuarono anche sotto il pontificato di Leone III (800-806), il quale fece dono alla basilica di una cortina purpurea.
